战争问题方法论主要包括以下几个方面：1.理论研究方法：以科学方法和理性思维为基础，运用系统性、综合性、历史性等方法进行军事理论研究。
军事思想通常包括以下几方面内容：
1. 军事战略：包括军事目标的确立、战争策略的制定、战斗计划的制定等，以及在战争中的资源配置和决策等内容。
2. 军事战术：指导战斗的实际行动，包括作战手段的选择、战斗部署的组织、指挥方法的运用等。
3. 军事科学：包括对军事理论和军事技术的研究和应用，以提升军队的战斗力和效能。
4. 军事组织：包括军队的编制、人员配置、军官培养、训练体系等，以及指挥体系和作战指挥系统的建设。
战争问题方法论主要包括以下几个方面：
1. 理论研究方法：以科学方法和理性思维为基础，运用系统性、综合性、历史性等方法进行军事理论研究。
2. 比较研究方法：通过对不同战争和军队的比较研究，总结历史经验，分析不同战争形式和战争场景下的共性和差异，为战争指导提供参考。
3. 系统分析方法：通过对战争中的各个要素和关系的分析，确立战争问题的整体框架，揭示战争的本质和规律。
4. 实证研究方法：通过研究和分析真实的战争案例和历史事件，验证理论假设，提炼实践经验，为战争指导提供实证支持。
战争指导思想是在战争指导活动中总结出的指导原则和指导思路，主要包括：
1. 战略指导思想：主要涉及战争目标的确定、战争形式的选择、战略战术的安排等，是指导军队战场行动的总体思路和原则。
2. 战斗指导思想：主要涉及战斗计划的制定、指挥与控制的方法和手段等，是指导军队实际作战的思路和原则。
3. 战法指导思想：主要涉及战斗手段、兵器装备的使用方法和战术技巧等，是指导军队在战场上具体行动的思路和原则。
以上内容是军事思想、战争问题方法论和战争指导思想的一般概括，在实际运用中可能会根据具体战争形势和需要进行调整和拓展。
